MIMTool：绘制分子相互作用图的工具
计算工程、金融与科学
2014-07-23 v1 定量方法
摘要
背景：理解蛋白质功能需要研究蛋白质 - 蛋白质相互作用网络。这些网络可表示为称为蛋白质相互作用图的网络图，通过可视化有助于更好地理解。我们解决了在 Kohn 分子相互作用图（MIM）记法中绘制蛋白质相互作用的问题。尽管已有一些用于蛋白质相互作用通用图形可视化的工具，但尚无工具能完全支持使用 MIM 记法绘制蛋白质相互作用。结果：MIMTool 专为使用 Kohn 的 MIM 记法绘制蛋白质相互作用图而开发。该工具基于 Qt 工具库构建，并引入了多项独特功能，如完全交互性、对象拖拽、导出 MIMML 和 SBML 文件的能力，以及具有自动弯曲和交叉最小化功能的线条绘制，这些是其他图表编辑器所不具备的。MIMTool 还拥有一种独特的正交边绘制方法，比其他相互作用绘制工具中的正交绘制方法更简便且更灵活。结论：MIMTool 促进了 MIM 的快速绘制、更新和交换。在其多项功能中，还包括一种半自动绘制算法，该算法利用最短路径算法构建具有较少弯曲和交叉的线条。MIMTool 填补了急需的软件工具空白，将促进 Kohn 的 MIM 记法的更广泛应用。
引用
@article{arxiv.1407.2073,
title = {MIMTool: A Tool for Drawing Molecular Interaction Maps},
author = {Mine Edes and Can Özturan and Türkan Haliloğlu and Augustin Luna and Ruth Nussinov},
journal= {arXiv preprint arXiv:1407.2073},
year = {2014}
}
备注
BioVis 2014 conference