用于生物分子模拟的马尔可夫链蒙特卡洛方法
统计力学
2007-09-06 v1 软凝聚态物质
摘要
自1950年左右以来，计算速度持续以大约每五年一个数量级（十倍）的速度增长，推动了计算机革命。在自然科学中，这导致计算机模拟的重要性持续增加。主要的使能技术是马尔可夫链蒙特卡洛（MCMC）和分子动力学（MD）模拟。本文探讨 MCMC 方法。首先回顾了基本模拟技术及其统计分析方法。随后重点关注广义系综和有偏更新这两种高级技术，它们对生物分子模拟具有相关性，或预期在此方面将变得相关。特别地，我们考虑了多正则系综和副本交换方法（亦称并行回火或多马尔可夫链方法）。
引用
@article{arxiv.0709.0538,
title = {Markov-Chain Monte Carlo Methods for Simulations of Biomolecules},
author = {Bernd A. Berg},
journal= {arXiv preprint arXiv:0709.0538},
year = {2007}
}
备注
34 pages, 13 figures, review article