利用有效片段分子轨道方法绘制酶催化图谱：迈向全从头算生物化学
化学物理
2015-06-12 v3
摘要
我们将有效片段分子轨道 (EFMO) 方法扩展至冻结域方法，其中仅优化活性部分的几何结构，同时考虑整个系统的多体极化效应。新方法在 20 个节点的 80 个核心上，用时不到四天，高效地绘制出了 chorismate mutase 的完整反应路径，其中包含 2398 个原子的整个系统均以从头算 (ab initio) 方式处理，未使用任何力场。反应路径的构建是自动化的，唯一的假设是预先定义反应坐标。我们确定 chorismate mutase 的反应势垒在 MP2/cc-pVDZ 水平下为 kcal mol，在 MP2/cc-pVTZ 水平下为 ，这是在 ONIOM 方法中使用 EFMO-RHF/6-31G(d) 分别处理高层和低层得出的结果。
引用
@article{arxiv.1212.6172,
title = {Mapping Enzymatic Catalysis using the Effective Fragment Molecular Orbital Method: Towards all ab initio Biochemistry},
author = {Casper Steinmann and Dmitri G. Fedorov and Jan H. Jensen},
journal= {arXiv preprint arXiv:1212.6172},
year = {2015}
}
备注
SI not attached