肺交换自编码器:学习胸片的解耦结构-纹理表示
摘要
由于标注成本高,标注良好的胸片(CXRs)数据集难以获取。因此,期望以无监督方式学习鲁棒且可迁移的表示,以惠及缺乏标注数据的任务。与自然图像不同,医学图像有其自身的领域先验;例如,我们观察到许多肺部疾病(如 COVID-19)表现为肺组织纹理而非解剖结构的变化。因此,我们假设仅研究不受结构变化影响的纹理,将有利于下游预后与预测建模任务。本文中,我们提出一种生成式框架——肺交换自编码器(Lung Swapping Autoencoder, LSAE),它学习 CXR 的因子化表示,以将纹理因子与结构因子解耦。具体而言,通过对抗训练,LSAE 被优化为生成一幅混合图像:保留一幅图像中的肺形状,但继承另一幅图像的肺纹理。为证明解耦纹理表示的有效性,我们在 ChestX-ray14(N=112,120)以及我们自己的多机构 COVID-19 预后预测数据集 COVOC(N=340(子集1)+ 53(子集2))上评估了 LSAE 中的纹理编码器 。在两个数据集上,我们通过微调 LSAE 中比基线 Inception v3 小 77% 的 达到或超越了最先进水平(SOTA)。此外,在模型预算相近的半监督与自监督设定下,LSAE 中的 也与最先进的 MoCo 具有竞争力。通过“重新混合”纹理与形状因子,我们生成有意义的混合图像以扩充训练集。该数据增强方法可进一步提升 COVOC 预测性能。即便我们直接在子集2上评估子集1训练的模型而不做任何微调,改进依然一致。
引用
@article{arxiv.2201.07344,
title = {Lung Swapping Autoencoder: Learning a Disentangled Structure-texture Representation of Chest Radiographs},
author = {Lei Zhou and Joseph Bae and Huidong Liu and Gagandeep Singh and Jeremy Green and Amit Gupta and Dimitris Samaras and Prateek Prasanna},
journal= {arXiv preprint arXiv:2201.07344},
year = {2022}
}
备注
Extended version of the MICCAI 2021 paper https://link.springer.com/chapter/10.1007/978-3-030-87234-2_33 The code is available at https://github.com/cvlab-stonybrook/LSAE