面向第二代 Xeon Phi 的 LAMMPS PPPM 长程求解器
计算工程、金融与科学
2017-02-15 v1 分布式、并行与集群计算
性能
摘要
分子动力学是计算生物学家、化学家和材料科学家的重要工具，消耗了相当多的超级计算资源。许多所研究的系统包含带电粒子，只能使用长程求解器(如 PPPM)进行精确模拟。我们用特别适合第二代 Intel Xeon Phi 的 PPPM 实现扩展了流行的 LAMMPS 分子动力学代码。我们的主要目标是通过向量化优化计算内核，我们观察到这些内核的加速比高达 12 倍。这些改进延续到 LAMMPS 用户，整体加速比在 2-3 倍之间，且不需要用户重新调整输入参数。此外，我们的优化使用户更容易确定最佳输入参数以获得顶级性能。
引用
@article{arxiv.1702.04250,
title = {LAMMPS' PPPM Long-Range Solver for the Second Generation Xeon Phi},
author = {William McDoniel and Markus Höhnerbach and Rodrigo Canales and Ahmed E. Ismail and Paolo Bientinesi},
journal= {arXiv preprint arXiv:1702.04250},
year = {2017}
}
备注
18 pages, 8 figures, submitted to ISC High Performance 2017