用于计算机模拟化学基因组学的核方法
定量方法
2007-09-26 v1
摘要
预测小分子与蛋白质之间的相互作用是药物发现过程的关键组成部分。特别是，准确的预测模型正越来越多地用于从大型分子数据库中预选潜在的苗头化合物，或筛选副作用。虽然传统的计算机模拟方法侧重于预测与特定靶点的相互作用，但新的化学基因组学方法采用了跨靶点视角。基于核方法在生物信息学和化学信息学中的最新进展，我们提出了一个系统框架，用于筛选小分子的化学空间以寻找其与蛋白质生物空间的相互作用。我们表明，该框架允许在不同靶点间共享信息，从而显著提高了三类重要药物靶点（酶、GPCR 和离子通道）的配体预测准确性。
引用
@article{arxiv.0709.3931,
title = {Kernel methods for in silico chemogenomics},
author = {Laurent Jacob and Jean-Philippe Vert},
journal= {arXiv preprint arXiv:0709.3931},
year = {2007}
}