肾脏微型分割区域及其相关病理组学在整块切片图像上的交互式可视化
定量方法
2025-10-23 v1 人机交互
摘要
应用机器学习技术可对组织全切片图像（WSI）中的功能组织单元进行分割。我们构建了一个管线，以应用先前验证的肾脏结构分割模型并从这些结构中提取定量特征。这种定量分析还需要对结果进行定性检查，以进行质量控制、探索和沟通。我们扩展了基于网页的可视化工具 Vitessce，以实现对多种功能组织单元（如肾小球、肾小管、动脉/动脉丘）分割的可视化。此外，我们提出了一种用于存储包含多个分割位掩码的文件标准表示方法，该方法以多态方式定义，使得现有格式（包括 OME-TIFF、OME-NGFF、AnnData、MuData 和 SpatialData）都可以使用。我们演示，这些方法使研究人员和更广泛的公众能够交互式地探索包含多个分割实体及其关联特征的数据集，包括探索来自肾脏精准医学项目（KPMP）和人体生物素atlas计划（HuBMAP）的肾组织形态学活检样本。
引用
@article{arxiv.2510.19499,
title = {Interactive visualization of kidney micro-compartmental segmentations and associated pathomics on whole slide images},
author = {Mark S. Keller and Nicholas Lucarelli and Yijiang Chen and Samuel Border and Andrew Janowczyk and Jonathan Himmelfarb and Matthias Kretzler and Jeffrey Hodgin and Laura Barisoni and Dawit Demeke and Leal Herlitz and Gilbert Moeckel and Avi Z. Rosenberg and Yanli Ding and Pinaki Sarder and Nils Gehlenborg},
journal= {arXiv preprint arXiv:2510.19499},
year = {2025}
}