交互式医学-SAM2 GUI：基于 Napari 的医学图像半自动标注工具

交互式医学-SAM2 GUI 是一个开源的桌面应用程序，用于对 2D 和 3D 医学图像进行半自动标注。基于 Napari 多维查看器构建，将盒子/点提示与 SAM2 风格的传播集成，通过将 3D 体积视为切片序列，实现了基于 Medical-SAM2 于 SAM2 之上的稀疏提示下的掩码传播。虽然体素级标注对于开发和验证医学成像算法至关重要，但手动标注 3D 扫描缓慢且昂贵，现有集成常侧重于单切片交互，而不提供单一本地管道中用于导航、传播、交互式纠正和定量导出的统一、cohort 导向的工作流程。为此，提供了一个本地化的 Napari 工作流程，用于通过标准 DICOM 系列和/或 NIfTI 体积进行高效的 3D 标注。用户可在单个根文件夹下依次标注案例，支持显式的继续/跳过操作，通过盒子首选提示初始化对象（包括单对象传播的首/末切片初始化），用点提示细化预测，并在保存前通过提示优先纠正来确定标签。在导出期间，支持每个对象的容积计算和 3D 体积渲染，并通过 SimpleITK 保留图像几何。该 GUI 使用 Python 实现，基于 Napari 和 PyTorch，支持可选的 N4 偏差场校正，专用于研究标注工作流程。代码已在项目页面发布：https://github.com/SKKU-IBE/Medical-SAM2GUI/。