基于规则的模型与神经元区室模型的整合
神经元与认知
2014-11-19 v1
摘要
突触可塑性依赖于神经元电活动与突触蛋白质组之间的相互作用，后者是突触后密度（PSD）中超过 1000 种蛋白质的集合。为了构建具有真实蛋白质数量的突触可塑性模型，我们旨在将突触蛋白质组中分子相互作用的基于规则的模型与神经元电活动的区室模型结合起来。基于规则的模型允许以直接的方式表达突触后蛋白质组中组合数量庞大的蛋白质复合物之间的相互作用。基于规则的模型的模拟是随机的，因此可以处理 PSD 中蛋白质和复合物的小拷贝数。神经元的区室模型表示为耦合常微分方程组并确定性求解。我们提出了一种将随机基于规则的模型整合到确定性区室模型中的算法，并展示了该混合系统的实现（"KappaNEURON"），使用了 SpatialKappa 和 NEURON 模拟器。
引用
@article{arxiv.1411.4980,
title = {Integration of rule-based models and compartmental models of neurons},
author = {David C. Sterratt and Oksana Sorokina and J. Douglas Armstrong},
journal= {arXiv preprint arXiv:1411.4980},
year = {2014}
}
备注
Presented to the Third International Workshop on Hybrid Systems Biology Vienna, Austria, July 23-24, 2014 at the International Conference on Computer-Aided Verification 2014