如何从超大规模三维分割中提取几何与拓扑信息
计算几何
2010-10-01 v1 计算机视觉与模式识别
数据结构与算法
摘要
分割通常是图像分析中一个关键的中间步骤。体积分割以几何信息（如分割块、块间面、多个面相交的曲线）以及这些对象上的拓扑结构来表征底层体积图像。现有算法将这些信息编码到特定数据结构中，但要求这些数据结构完全适合随机存取存储器（RAM）。如今，例如在结构神经生物学中，会获取具有数十亿体素的三维图像。由于这些大体积无法再用现有方法处理，我们提出了一种新算法，该算法以体素数线性、面数和曲线数对数线性的运行时间执行几何与拓扑提取。该可并行化算法以分块方式运行，并在硬盘上构建整个体积图像的一致表示，从而使超大规模体积分割的结构可供图像分析使用。并行化的 C++ 源代码、免费命令行工具和 MATLAB mex 文件可从 http://hci.iwr.uni-heidelberg.de/software.php 获取。
引用
@article{arxiv.1009.6215,
title = {How to Extract the Geometry and Topology from Very Large 3D Segmentations},
author = {Bjoern Andres and Ullrich Koethe and Thorben Kroeger and Fred A. Hamprecht},
journal= {arXiv preprint arXiv:1009.6215},
year = {2010}
}
备注
C++ source code, free command line tools and MATLAB mex files are avilable from http://hci.iwr.uni-heidelberg.de/software.php