蛋白质信号网络的同源控制

Domenico Napoletani; Michele Signore; Timothy Sauer; Lance Liotta; Emanuel Petricoin

doi:10.1016/j.jtbi.2011.03.020

蛋白质信号网络的同源控制

分子网络 2011-04-18 v1 生物物理数据分析、统计与概率医学物理

作者: Domenico Napoletani , Michele Signore , Timothy Sauer , Lance Liotta , Emanuel Petricoin

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摘要

在之前的一篇论文中，我们介绍了一种称为增广稀疏重构（ASR）的方法，该方法能在给定少量具有不同初始条件的观测轨迹的情况下，识别常微分方程网络中各节点之间的连接。该技术的主要目的是重构细胞内蛋白质信号网络。在本文中，我们表明，递归的增广稀疏重构能够生成与大型参考网络同源的人工网络，其同源性体现在：对网络中若干反应的激酶抑制，会以可比较的方式改变参考网络和重构网络中大量蛋白质的轨迹。我们使用一个由表皮生长因子受体（EGF-R）驱动的信号级联的大型计算机模拟模型来生成重构算法所用的数据，从而证明了这一结果。这种观察到的同源性最重要的意义在于，可以从重构网络中推断出针对许多节点的近乎最优的激酶抑制剂组合剂量，这一结果可能对个性化医疗中的多种应用具有潜在价值。

关键词

蛋白质信号网络增广稀疏重构常微分方程网络同源控制激酶抑制个性化医疗

引用

@article{arxiv.1012.5547,
  title  = {Homologous Control of Protein Signaling Networks},
  author = {Domenico Napoletani and Michele Signore and Timothy Sauer and Lance Liotta and Emanuel Petricoin},
  journal= {arXiv preprint arXiv:1012.5547},
  year   = {2011}
}

备注

33 pages, 6 figures

蛋白质信号网络的同源控制

摘要

关键词

引用

备注

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