基于高速全光扩展 DV 曲线并利用波长与偏振调制的 DNA 序列比对
定量方法
2018-01-03 v1 基因组学
摘要
本文提出了一种新颖的光学处理方法，用于探索基于光学相关器进行全局比对、基于扩展 DV 曲线方法进行局部比对的基因组序列。为克服传统 DV 曲线方法在给出准确且简化输出方面的问题，我们提出 HAWPOD，其构建于 DV 曲线方法之上，通过五个步骤分析基因组序列：DNA 编码、比对、噪声消除、简化与修正。此外，我们开发了 HAWPOD 方法的全光实现，并通过 LUMERICAL FDTD 中的数值模拟验证了其准确性。结果表明，所提方法远快于其电子对应方法，例如 Basic Local Alignment Search Tools。
引用
@article{arxiv.1801.00030,
title = {High Speed All-optical extended DV-Curve-based DNA sequence alignment utilizing wavelength and polarization modulation},
author = {Ehsan Maleki and Hossein Babashah and Somayyeh Koohi and Zahra Kavehvash},
journal= {arXiv preprint arXiv:1801.00030},
year = {2018}
}