利用图形处理器进行分子动力学模拟
其他凝聚态物理
2008-09-10 v1 软凝聚态物质
摘要
我们讨论了使用 NVIDIA CUDA 语言在图形处理器 (GPU) 上实现分子动力学 (MD) 模拟。我们在现代 GPU（NVIDIA GeForce 8800 GTX）上测试了我们的代码。展示了适用于短程和长程相互作用的两种 MD 算法以及同余移位随机数生成器的结果。将 GPU 的性能与其中央处理器 counterparts 进行了比较。我们分别实现了高达 80 倍、40 倍和 150 倍的加速。利用最新一代的 GPU，人们可以以 10^7 flops/$ 的速度运行标准 MD 模拟。
引用
@article{arxiv.0709.3225,
title = {Harvesting graphics power for MD simulations},
author = {J. A. van Meel and A. Arnold and D. Frenkel and S. F. Portegies Zwart and R. G. Belleman},
journal= {arXiv preprint arXiv:0709.3225},
year = {2008}
}
评论
12 pages, 5 figures. Submitted to Mol. Sim