从宏基因组数据到个性化计算微生物群：预测克罗恩病的膳食补充剂
分子网络
2017-09-19 v1
摘要
克罗恩病（CD）与由数百种物种组成的肠道微生物群的生态失衡有关。潜在的复杂性以及患者之间的个体差异导致了难以确定标准化治疗方案。计算建模能够系统地研究肠道微生物之间的代谢相互作用，从而揭示新的机制性见解。在本研究中，我们将 CD 患者和健康对照的宏基因组数据与基因组规模代谢模型相整合，构建了个性化的计算机微生物群。我们预测了患者和对照组的短链脂肪酸（SCFA）水平，其总体上与实验结果一致。作为一种涌现特性，预测 CD 患者的 SCFA 浓度较低，且每个患者的 SCFA 特征是独特的。因此，我们建议采用个性化的饮食疗法来改善每个患者的 SCFA 水平。潜在的建模方法可以通过合理地推荐食物来辅助临床实践发现新的饮食疗法并指导康复。
引用
@article{arxiv.1709.06007,
title = {From metagenomic data to personalized computational microbiotas: Predicting dietary supplements for Crohn's disease},
author = {Eugen Bauer and Ines Thiele},
journal= {arXiv preprint arXiv:1709.06007},
year = {2017}
}
备注
26 pages, 5 figures