利用 Foyer 形式化原子类型指派与力场传播
计算物理
2018-12-18 v1 软凝聚态物质
摘要
增强分子模拟领域可重复性的一个关键要素是减少分子模型参数化中的歧义。分子模型中的歧义常源于以不可直接使用或非机器可读机制含糊记录的方式传播分子力场。具体而言，缺乏在 particular 力场规则下执行自动原子类型指派的通用工具，会导致模型参数化中的错误在其他研究者无法复现该过程时被忽视。在此，我们提出 Foyer，一个 Python 工具，使用户能以机器与人类均可读的格式定义力场原子类型指派规则，从而消除原子类型指派中的歧义，并为力场传播提供框架。Foyer 以 XML 格式定义力场，其中使用 SMARTS 字符串定义特定原子类型的化学环境。本文描述 Foyer 包的基础方法，突出其相对于典型原子类型指派方法的优势，并展示其在若干用例中的应用。
引用
@article{arxiv.1812.06779,
title = {Formalizing Atom-typing and the Dissemination of Force Fields with Foyer},
author = {Christoph Klein and Andrew Z. Summers and Matthew W. Thompson and Justin Gilmer and Clare McCabe and Peter T. Cummings and Janos Sallai and Christopher R. Iacovella},
journal= {arXiv preprint arXiv:1812.06779},
year = {2018}
}
备注
39 Page, 4 Figures, 8 Listings