FastLORS：R 语言中用于 eQTL 作图的联合建模
应用统计
2018-05-15 v1
摘要
Yang 等人 (2013) 提出了 LORS，这是一种用于 eQTL 作图的方法，可对基因表达、SNP 和隐因子进行联合建模。LORS 求解一个凸优化问题并具有保证的收敛性。然而，对于大型数据集，其计算成本可能很高。在本文中，我们提出了 Fast-LORS，它使用近端梯度法来求解 LORS 问题，从而显著降低了计算负担。我们将 Fast-LORS 和 LORS 应用于国际 HapMap 计划第三阶段的数据，获得了可比的结果。尽管如此，与 LORS 相比，Fast-LORS 展现出了显著的计算效率提升。
引用
@article{arxiv.1805.05170,
title = {FastLORS: Joint Modeling for eQTL Mapping in R},
author = {Jacob Rhyne and Eric Chi and Jung-Ying Tzeng and X. Jessie Jeng},
journal= {arXiv preprint arXiv:1805.05170},
year = {2018}
}
备注
All functions are available in the FastLORS R package, available at https://github.com/jdrhyne2/FastLORS