快速发现蛋白质序列多样性：基于逆折叠的方法
定量方法
2025-05-30 v2
摘要
我们提出了 InvMSAFold，这是一种针对多样性和速度进行优化的逆折叠方法，用于生成蛋白质序列。对于给定的结构，InvMSAFold 生成覆盖两两相互作用序列空间概率分布的参数，捕捉来自同源蛋白质的多个序列对齐物（MSA）中观察到的氨基酸协关联。这使得能够在保持结构和功能完整性的同时，高效生成高度多样的蛋白质序列。我们表明，这种抽样序列中所需的多样性增加导致生化性质的更大波动，凸显了该方法在蛋白质设计等应用方面的激动人心的潜力。与现有方法相比，抽样速度提升了几个数量级，解锁了高通量虚拟筛选的新可能性。
引用
@article{arxiv.2406.11975,
title = {Fast uncovering of protein sequence diversity from structure},
author = {Luca Alessandro Silva and Barthelemy Meynard-Piganeau and Carlo Lucibello and Christoph Feinauer},
journal= {arXiv preprint arXiv:2406.11975},
year = {2025}
}
备注
ICLR 2025 spotlight paper