字符串到 D-文本的快速精确比对
数据结构与算法
2022-06-08 v1 基因组学
摘要
近年来，将序列比对到泛基因组已成为基因组学与泛基因组学中的核心问题。该问题的快速且精确的解决方案可作为许多关键任务的工具集，例如读段校正、多序列比对（MSA）、基因组组装、变异检测等。在本文中，我们提出一种快速且精确的新方法，用于将字符串比对到 D-串（D-string），后者可能表示 MSA、泛基因组或部分组装结果。我们的工具 dsa 的实现已在 https://github.com/urbanslug/dsa 公开可用。
引用
@article{arxiv.2206.03242,
title = {Fast Exact String to D-Texts Alignments},
author = {Njagi Moses Mwaniki and Erik Garrison and Nadia Pisanti},
journal= {arXiv preprint arXiv:2206.03242},
year = {2022}
}