一种用于增强蛋白质对接问题中紧凑构型 MC 采样的快速灵活几何方法
化学物理
2020-07-16 v3 生物物理
摘要
EASAL (Efficient Atlasing and Sampling of Assembly Landscapes) 是一种用于对小分子组装体的势能景观进行采样和计算积分的几何方法。EASAL 的高效性源于小组装体景观允许使用所谓的 Cayley（基于原子间距离）参数来进行组装构型空间区域的几何表示和采样；这导致了这些区域的隔离、凸化、定制采样以及使用综合拓扑路线图的系统遍历。我们定义了定制设计的测量指标，以研究和比较 EASAL 与传统蒙特卡洛 (MC) 采样的各种采样特性，包括 (i) 采样速度，(ii) 均匀网格覆盖的效率和准确性，(iii) 覆盖低能区域时加权覆盖的准确性，(iv) 将采样定位到宏观态的能力，以及 (v) 采样分布的灵活性。特别是，我们比较了 EASAL 和 MC 在采样具有短程对势的 2 个跨膜螺旋组装体景观时的采样特性。我们证明，与 MC 采样相比，EASAL 能够用更少的样本和计算资源，合理覆盖低有效维度的能量景观中关键但狭窄的区域。文中讨论了结合这两种方法互补优势的潜在途径。
引用
@article{arxiv.1408.2481,
title = {Fast and Flexible Geometric Method For Enhancing MC Sampling of Compact Configurations For Protein Docking Problem},
author = {Aysegul Ozkan and Jose C. Flores-Canales and Rahul Prabhu and Meera Sitharam and Maria Kurnikova},
journal= {arXiv preprint arXiv:1408.2481},
year = {2020}
}