探索使用量子计算促进生物细胞时空分辨模型构建
量子物理
2026-07-30 v1 生物物理
摘要
全细胞模拟,即在整个生命周期内对细胞所有功能系统进行建模,是计算生物学中的一项杰出挑战。即使是最简单的活细胞也包含数千种相互作用的蛋白质和代谢物(约万亿个原子),其完整的功能动力学在空间上跨越约五个数量级(nm 到 m),在时间上跨越近十九个数量级(fs 到小时)。此外,许多起支配作用的物理和化学性质仍未被完全表征。在经典架构上以完全原子分辨率模拟整个细胞周期的此类复杂系统在计算上是不可行的,这引出了一个核心问题:量子计算能否为整合分子级和系统级复杂性的全细胞模拟提供可行路径?本视角探讨了量子计算在三个层次尺度上的潜力:原子-分子建模、代谢和调控网络,以及全细胞空间建模。我们提出了一项复杂性分析,比较了代表性生物学问题的经典和量子算法,并在特定算法假设下识别出具有显著理论加速的区间。我们重点介绍了旨在利用近期探索性和容错量子架构的算法发展,并讨论了实际瓶颈:数据编码开销、系统条件数、测量约束以及量子-HPC 混合集成。这些结果共同勾勒出了一条量子加速全细胞建模的路线图,以及此类多尺度框架最终可能带来的生物学洞见。
引用
@article{arxiv.2607.27571,
title = {Exploring the use of quantum computing for facilitating spatially and temporally resolved models of a biological cell},
author = {Muralikrishnan Gopalakrishnan Meena and Dileep Kishore and Jerry M. Parks and Luke Bertels and Dilipkumar N. Asthagiri and Travis Humble and Thomas L. Beck and Mitchel J. Doktycz},
journal= {arXiv preprint arXiv:2607.27571},
year = {2026}
}