利用 OpenMP 与 OpenACC 加速异构 HPC 节点上的分子对接迷你应用
分布式、并行与集群计算
2019-01-21 v1
摘要
在药物发现中，分子对接负责估算分子与对接位点相互作用时的位置。该任务通常用于在流程早期对大型分子库进行筛选。鉴于候选分子的数量以及应用的复杂性，该任务通常使用高性能计算（HPC）平台执行。在现代 HPC 系统中，异构平台相比同构平台提供了更好的吞吐量。在本工作中，我们利用混合 OpenMP 与 OpenACC 方法，将一个分子对接应用移植并优化到具有一个或多个 GPU 加速器的异构系统上。我们证明，相较于纯 CPU/GPU 数据划分方法，我们的方法能更好地利用节点，在相同的计算节点下实现了高达 36% 的吞吐量提升。
引用
@article{arxiv.1901.06229,
title = {Exploiting OpenMP & OpenACC to Accelerate a Molecular Docking Mini-App in Heterogeneous HPC Nodes},
author = {Emanuele Vitali and Davide Gadioli and Gianluca Palermo and Andrea Beccari and Carlo Cavazzoni and Cristina Silvano},
journal= {arXiv preprint arXiv:1901.06229},
year = {2019}
}