评估全基因组关联研究中的HWE与关联性：一种统一程序

在基于病例对照设计的全基因组关联研究（GWAS）中，单核苷酸多态性（SNP）通常通过关联检验和哈迪-温伯格平衡（HWE）拟合优度检验进行评估。然后根据HWE截断值将SNP从分析中排除以避免假阳性。为避免基于任意阈值的截断，我们提出了一种基于条件基因型的检验，该检验以对照组中HWE的$\chi^2$统计量为条件，对3x2列联表中的Pearson $\chi^2$统计量进行条件化，并发展了相关的渐近分布理论。我们通过模拟表明，在大多数情况下，我们的检验比两种竞争的回溯性程序更有效。所提出方法的另一个重要优势是，由于在计算SNP关联p值时考虑了HWE，GWAS中SNP的排序得到改善。我们在斑秃研究的数据集上证明了这一效果。总之，我们的检验通过提供统一框架使单独的HWE检验变得多余，并在功效和可解释性方面严格优于标准程序，从而使重复研究更具成本效益并改进后续精细定位。