ensemblQueryR：在R中快速、灵活且高通量查询Ensembl LD API接口的工具
基因组学
2023-08-15 v1 数据库
摘要
我们推出ensemblQueryR，一个为Ensembl REST API提供R语言接口的包，可灵活、快速、用户友好且与R工作流无缝集成地查询Ensembl REST API连锁不平衡（LD）接口，并针对高通量查询进行了优化。ensemblQueryR通过直观且易于自定义代码集成的函数、使用熟悉的R对象类型作为输入输出、代码优化及可选并行化功能实现上述目标。对于每个LD接口，ensemblQueryR提供两个函数，支持单查询与多查询两种操作模式。多查询函数针对大规模查询优化，并提供可选并行化以利用可用计算资源、最小化处理时间。我们证明ensemblQueryR在随机存取内存（RAM）占用与速度上均有更优表现，相较同类软件实现10倍速度提升且仅用三分之一RAM。最后，通过提供Docker与singularity镜像，ensemblQueryR近乎独立于操作系统与计算架构，使该工具对科学界广泛可用。
引用
@article{arxiv.2308.06792,
title = {ensemblQueryR: fast, flexible and high-throughput querying of Ensembl LD API endpoints in R},
author = {Aine Fairbrother-Browne and Sonia García-Ruiz and Regina H Reynolds and Mina Ryten and Alan Hodgkinson},
journal= {arXiv preprint arXiv:2308.06792},
year = {2023}
}