利用层次图编码与选择粗粒化映射算子
化学物理
2018-10-08 v1
摘要
粗粒化 (CG) 分子动力学 (MD) 可模拟细粒化 (FG) MD 模拟无法触及的系统。CG 模拟通过将原子从 FG 表示映射为聚集的 CG 粒子来减少自由度。FG 到 CG 的映射并不唯一。由于映射数量随分子中原子数组合增长，对这些映射进行系统性选择的研究颇具挑战。本文提出一种通过施加分子拓扑与对称性约束来减少映射总数的方法。以近 49,889 个分子的所有映射为例说明了数量缩减。所得映射算子数量仍然庞大，因此我们引入可编码多个 CG 映射算子的层次图。该编码方法以甲醇和 14 聚肽为例作了演示。此编码为自动化映射选择奠定了基础。
引用
@article{arxiv.1804.04997,
title = {Encoding and Selecting Coarse-Grain Mapping Operators with Hierarchical Graphs},
author = {Maghesree Chakraborty and Chenliang Xu and Andrew D. White},
journal= {arXiv preprint arXiv:1804.04997},
year = {2018}
}
备注
14 pages, 5 figures