DProQ：一种用于蛋白质复合物结构评估的门控图Transformer

蛋白质通过相互作用形成复合物以执行必需的生物功能。已有计算方法被开发用于预测蛋白质复合物的结构。然而，蛋白质复合物结构预测中的一个重要挑战是在不知晓对应天然结构的情况下，估计所预测蛋白质复合物结构的质量。此类估计随后可用于筛选高质量的预测复合物结构，以促进蛋白质功能分析和药物发现等生物医学研究。我们以DProQ应对这一重要任务，其引入了一种门控邻域调制图Transformer（GGT），旨在预测三维蛋白质复合物结构的质量。值得注意的是，我们在一种新颖的图Transformer框架内融入节点与边门控，以控制图消息传递过程中的信息流。我们在本工作中公开提供的四个新开发数据集上训练并评估DProQ。我们严谨的实验表明，DProQ在蛋白质复合物结构排序上取得了最先进的性能。