由接触模板重新加权的直接信息：结合结构特征改进 RNA 接触预测
生物大分子
2017-11-30 v1 生物物理
摘要
众所周知，共进化核苷酸-核苷酸相互作用对 RNA 的结构和功能至关重要。目前，直接耦合分析（DCA）从不同物种的同源序列比对中推断序列中的核苷酸接触。仅使用序列信息的 DCA 及类似方法通常准确率较低，尤其在可用同源序列有限时。本文提出一种新方法，引入受限玻尔兹曼机（RBM）以在接触推断中用结构模式增强序列共变异信息。我们因此将该方法命名为 DIRECT，意为由接触模板重新加权的直接信息（Direct Information REweighted by Contact Templates）。基准测试表明，与传统 DCA 相比，DIRECT 在接触预测上的准确率平均显著提升 13%。这些结果表明 DIRECT 可用于改进 RNA 三级结构和功能的预测。DIRECT 的源代码和数据集可在 http://http://zhao.phy.ccnu.edu.cn:8122/DIRECT/index.html 获取。
引用
@article{arxiv.1711.10674,
title = {Direct Information Reweighted by Contact Templates: Improved RNA Contact Prediction by Combining Structural Features},
author = {Yiren Jian and Chen Zeng and Yunjie Zhao},
journal= {arXiv preprint arXiv:1711.10674},
year = {2017}
}