DeepHEN：长链非编码 RNA 基因必要性的定量预测及对必要性认知的重新审视
分子网络
2023-09-20 v1 机器学习
摘要
基因必要性是指一个基因对生物体生存与繁殖效能的必要程度。尽管非编码基因的必要性已有记载，我们对其必要性的某些方面仍不了解。例如，我们不知道序列特征与网络空间特征对必要性的贡献。为此，本工作提出 DeepHEN 以回答上述问题。通过构建新的 lncRNA-蛋白质-蛋白质网络，并利用表示学习与图神经网络，我们成功建立了可预测 lncRNA 基因必要性的 DeepHEN 模型。相较于其他 lncRNA 基因必要性预测方法，我们的 DeepHEN 模型不仅指出了序列特征或网络空间特征何者对必要性影响更大，还解决了因必需 lncRNA 基因数量少而导致那些方法过拟合的问题，富集分析结果证实了这一点。
引用
@article{arxiv.2309.10008,
title = {DeepHEN: quantitative prediction essential lncRNA genes and rethinking essentialities of lncRNA genes},
author = {Hanlin Zhang and Wenzheng Cheng},
journal= {arXiv preprint arXiv:2309.10008},
year = {2023}
}