基于异构图注意力网络的药品相互作用预测
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2022-07-13 v1 人工智能
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摘要
多重用药(即多种药物联合使用)是一种标准治疗方法,尤其适用于重症和慢性疾病。然而,多种药物联合使用可能会引起药物之间的相互作用。药品相互作用(DDI)是指一种药物与另一种药物合用时其影响发生改变的现象。DDI 可能阻碍、增强或减弱任一药物的预期效果,或者在最坏情况下产生不良副作用。尽管及时检测 DDI 至关重要,但由于临床试验周期短且需考虑测试的可能药物对众多,在临床试验中识别它们既耗时又昂贵。因此,需要计算方法用于预测 DDI。本文提出一种新颖的异构图注意力模型 HAN-DDI 来预测药品相互作用。我们构建了包含不同生物实体的药物异构图网络。随后,我们开发了异构图注意力网络,利用药物与其他实体的关系来学习 DDI。该网络由基于注意力的异构图节点编码器(用于获取药物节点表示)和用于预测药品相互作用的解码器组成。此外,我们进行了全面的实验来评估我们的模型并与最先进(SOTA)的模型进行比较。实验结果表明,我们提出的方法 HAN-DDI 显著优于基线模型,并能准确预测 DDI,即使对于新药也是如此。
引用
@article{arxiv.2207.05672,
title = {DDI Prediction via Heterogeneous Graph Attention Networks},
author = {Farhan Tanvir and Khaled Mohammed Saifuddin and Esra Akbas},
journal= {arXiv preprint arXiv:2207.05672},
year = {2022}
}
备注
10 pages, 3 figures, 8 tables, accepted in BioKDD