表示一组 k 长 DNA 序列的数据结构
数据结构与算法
2020-06-15 v4 基因组学
摘要
生物测序数据的分析一直是字符串算法最大的应用之一。许多此类应用所使用的方法基于对 k-mer 的分析，k-mer 是数据集中存在的短固定长度字符串。尽管这些方法相当多样，但存储和查询 k-mer 集合已成为一个共享的底层组件。k-mer 集合具有独特的特征和应用，在过去十年中催生了许多用于其表示的专门方法。在本综述中，我们统一呈现并比较了已提出的用于存储和查询 k-mer 集合的数据结构。我们希望本综述能作为该领域研究人员的资源，并使该领域对领域外研究人员更易于接触。
引用
@article{arxiv.1903.12312,
title = {Data structures to represent a set of k-long DNA sequences},
author = {Rayan Chikhi and Jan Holub and Paul Medvedev},
journal= {arXiv preprint arXiv:1903.12312},
year = {2020}
}