分子空间分布困惑度的粗粒化方法
生物物理
2023-12-12 v2
摘要
生物组织由多种分子构成。我们不去关注特定分子，而是考虑由组织中各位置不同分子的丰度计算得到的香农熵。香农熵的空间分布引人关注。本文中，我们首先获得困惑度热图，其对数即为熵。为刻画分子的空间多样性，我们提出一个与困惑度热图粗粒化相关的标量。为验证该数值的实用性，对小鼠肾脏进行了质谱成像(MSI)实验。我们发现在小鼠肾脏的肾盂区、皮质区、静脉和动脉中取值较大，而分形维数未能区分这些区域。
引用
@article{arxiv.2303.05220,
title = {Coarse-graining of the perplexity for the spatial distribution of molecules},
author = {Lili Xu and Chi Zhang and Soho Oyama and Manabu Machida and Tomoaki Kahyo and Mitsutoshi Setou},
journal= {arXiv preprint arXiv:2303.05220},
year = {2023}
}