ClusCo：蛋白质模型的聚类与比较
生物大分子
2013-03-04 v2 计算工程、金融与科学
定量方法
摘要
背景：蛋白质建模方法的开发、优化与验证需要高效的结构比较工具。通常需要将大量模型与目标天然结构进行比较。开发 Clusco 软件的主要原因是为全体比较（all-versus-all）创建一个高通量工具，因为计算相似性矩阵是蛋白质建模流程中的瓶颈之一。结果：Clusco 是一款快速且易用的软件，用于以不同的相似性度量（cRMSD、dRMSD、GDT_TS、TM-Score、MaxSub、Contact Map Overlap）对蛋白质模型进行高通量比较，并使用标准方法对比较结果进行聚类：K-means 聚类或分层凝聚聚类。结论：该应用程序经过高度优化并用 C/C++ 编写，包括用于在 CPU 上并行执行的代码以及 GPU 版本的 cRMSD，与类似的聚类和评分计算程序相比实现了显著加速。
引用
@article{arxiv.1302.4000,
title = {ClusCo: clustering and comparison of protein models},
author = {Jamróz Michał and Koliński Andrzej},
journal= {arXiv preprint arXiv:1302.4000},
year = {2013}
}