CAMIRADA：癌症 microRNA 关联发现算法及其在乳腺癌上的案例研究
计算工程、金融与科学
2018-06-20 v1 基因组学
分子网络
摘要
在近期研究中，非编码蛋白 RNA 已被鉴定为 microRNA，可用作癌症早期诊断和治疗的生物标志物，从而降低癌症死亡率。一个 microRNA 可能靶向数百或数千个基因，而一个基因可能调控多个 microRNA，因此确定哪个 microRNA 与哪种癌症相关是一大挑战。许多计算方法已被用于检测 microRNA 与癌症的关联，但仍需更高精度的更多努力。越来越多的研究表明，microRNA 与转录因子（TF）之间的关系在癌症诊断中起着重要作用。因此，我们开发了一个新的计算框架（CAMIRADA），基于蛋白质网络中 microRNA 与疾病基因（DG）的关系、共表达网络上 microRNA 与转录因子（TF）的功能关系，以及共表达网络上 microRNA 与差异表达基因（DEG）的关系，来识别癌症相关 microRNA。CAMIRADA 被应用于评估来自 HMDD 和 miR2Disease 两个数据库的乳腺癌数据。在本研究中，列表顶部 65 个 microRNA 的 AUC 为 0.95，比用于检测与癌症动脉相关 microRNA 的类似方法更准确。
引用
@article{arxiv.1806.07245,
title = {CAMIRADA: Cancer microRNA association discovery algorithm, a case study on breast cancer},
author = {Sepideh Shamsizadeha and Sama Goliaea and Zahra Razaghi Moghadamb},
journal= {arXiv preprint arXiv:1806.07245},
year = {2018}
}