BPEC：一个用于贝叶斯系统地理与生态聚类的R包
应用统计
2018-09-19 v4
摘要
BPEC是一个用于贝叶斯系统地理与生态聚类的R包，它允许将地理、环境和表型测量与DNA序列结合，以揭示由迁徙事件产生的聚类结构。DNA序列使用简化溯祖模型投影到单倍型树上的折叠版本建模，随后随着迁徙发生产生受限聚类。在每个聚类内，使用协变量（地理、环境、表型）的多元高斯分布。推断遵循定制的可逆跳跃马尔可夫链蒙特卡洛采样，从而聚类数（即迁徙数）无需预先指定。提供了若干反映感兴趣参数后验分布的输出图和可视化。BPEC还包括创建可载入Google Earth的输出文件的函数。通过用BPEC分析的近东多型棕蛙 Rana macrocnemis 数据集示例说明了包命令。
引用
@article{arxiv.1604.01617,
title = {BPEC: An R Package for Bayesian Phylogeographic and Ecological Clustering},
author = {Ioanna Manolopoulou and Axel Hille and Brent Emerson},
journal= {arXiv preprint arXiv:1604.01617},
year = {2018}
}