化学渗透生物分子能量转导的键图建模
分子网络
2017-06-07 v2
摘要
基于键图方法的工程系统建模与分析已被应用于生物分子系统。在此背景下，引入了法拉第等效化学势的概念，使得化学势可以以类似于电压的方式表达，从而将工程直觉应用于生物分子系统。氧化还原反应及其半反应表示是涉及电域和化学域的生物系统的关键组成部分。本文给出了氧化还原反应的键图解释，将键图与法拉第等效化学势相结合。这种方法在生物分子系统实现化学 - 电转导时尤为相关，例如线粒体关键代谢途径氧化磷酸化中的化学渗透。本文介绍了一种利用键图实现计算模块化的替代方法，并将其用于构建线粒体电子传递链的物理基础模型。为了说明整体方法，该模型利用法拉第等效化学势方法进行了分析，并利用工程直觉指导亲和势均衡：即对线粒体电子传递链进行基于能量的分析。
引用
@article{arxiv.1611.04264,
title = {Bond Graph Modelling of Chemiosmotic Biomolecular Energy Transduction},
author = {Peter Gawthrop},
journal= {arXiv preprint arXiv:1611.04264},
year = {2017}
}