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超越米氏方程:混沌的变构速率控制

分子网络 2024-01-11 v1 亚细胞过程

摘要

Michaelis 和 Menten 发展的方法为我们理解生化反应动力学奠定了基础。反应速率理论、随机反应模型和动态通量估计等扩展的代谢模型,从不同方面处理了这一基本思想。这些方法的局限性已广为人知,迄今为止克服这些问题的努力虽多但成效有限。已知的问题可概括为:仅依赖于底物浓度的关系、将速率封装在单一相关标量中,以及由此假设导致的后续功能控制缺失。混沌速率控制 (Rate Control of Chaos, RCC) 是一种非线性控制方法,基于混沌系统中指数增长的速率限制概念,已被证明能有效控制生物振荡器的动态状态。用变构特性扩展 RCC 能够实现对酶促过程的鲁棒控制,并复现 Michaelis-Menten 动力学。涌现的动力学对扰动和噪声具有鲁棒性,但对调控调整敏感。这种控制方法在配体存在的情况下动态调整控制参数,并允许在控制函数中引入能量关系。控制的动态特性消除了稳态要求,允许对大规模动态行为进行建模,从而可能解决代谢紊乱和代谢控制失效中的问题。

关键词

引用

@article{arxiv.2401.04786,
  title  = {Beyond Michaelis-Menten: Allosteric Rate Control of Chaos},
  author = {Tjeerd V. olde Scheper},
  journal= {arXiv preprint arXiv:2401.04786},
  year   = {2024}
}