Athena：用于合成生物学的模块化计算机辅助建模/计算机辅助设计软件

合成生物学是细胞网络的工程学。它结合了工程学原理和生物网络知识来编程细胞的行为。计算建模技术与分子生物学技术相结合，已成功构建了诸如开关、振荡器和门等生物装置。合成生物学的目标是从这些基本装置构建复杂系统，其方式与从基本部件构建电子电路非常相似。随着这一目标成为现实，可互换部件和封装等工程概念将进入生物学领域。我们认识到，需要能够支持生物学中此类工程概念的计算工具。作为解决方案，我们开发了Athena软件，该软件允许将生物模型构建为模块。模块可以相互连接，而无需修改模块本身。此外，Athena还包含各种用于设计合成网络的有用工具，包括执行模拟、自动推导转录速率表达式以及查看和编辑合成DNA序列的工具。新工具可以通过插件接口、IronPython脚本、系统生物学工作台接口和R统计语言集成到Athena中，而无需修改现有程序。该程序目前适用于Windows操作系统，Athena的源代码通过CodePlex（www.codeplex.com/athena）免费提供。