评估粪菌移植后的定植
定量方法
2024-04-12 v1
摘要
粪菌移植（FMT）是FDA批准的用于复发性艰难梭菌感染的治疗方法，目前也正在被探索用于其他临床应用，从缓解消化系统和神经系统疾病，到为癌症治疗引导微生物组，以及恢复受癌症治疗影响的微生物组。量化FMT后的定植程度对于确定受试者未产生响应是因为定植的微生物组未产生预期结果（FMT成功但治疗结果阴性），还是微生物组未定植（FMT不成功且治疗结果阴性）非常重要。缺乏一致的量化FMT定植程度的方法阻碍了对FMT成功与否及其与临床结果之间关系的评估，也给跨研究比较FMT结果和方案带来了挑战。本文回顾了46项在人类和模式生物中进行的FMT研究，并将它们评估FMT定植程度的方法归纳为三个标准：1）嵌合不对称群落融合研究FMT定植后微生物组的转变。2）供体微生物组指示特征利用基于当前样本收集的差异丰度检验或追踪先前已识别的特征丰度变化等方法，将供体微生物组特征作为定植信号进行追踪。3）时间稳定性考察FMT后受试者微生物组恢复至基线微生物组的抵抗力。综合考察这三个标准，可以对微生物组定植提供清晰的评估。我们讨论了每个标准的优缺点，并提供了其应用的示例。我们还引入了关键术语，并就如何分析FMT研究以进行严格的定植程度评估提出了建议。
引用
@article{arxiv.2404.07325,
title = {Assessing Engraftment Following Fecal Microbiota Transplant},
author = {Chloe Herman and Bridget M. Barker and Thais F. Bartelli and Vidhi Chandra and Rosa Krajmalnik-Brown and Mary Jewell and Le Li and Chen Liao and Florencia McAllister and Khemlal Nirmalkar and Joao B. Xavier and J. Gregory Caporaso},
journal= {arXiv preprint arXiv:2404.07325},
year = {2024}
}
备注
18 pages, 6 figures, 2 supplemental tables