ArGSLab：一种用于分析实验或模拟粒子网络的工具
软凝聚态物质
2021-09-24 v1 材料科学
化学物理
摘要
显微成像与基于粒子的模拟都是研究胶体凝胶等聚集态颗粒物质的强有力技术。这些技术提供的数据通常包含广泛长度尺度的信息，但结构分析方法通常聚焦于局域粒子排布，即便数据也包含介观长度尺度上粒子网络的信息。本文中，我们呈现一个用于量化胶体样品中介观网络结构的 MATLAB 软件包。ArGSLab（Arrested and Gelated Structures Laboratory）从输入数据中提取网络骨架，进而转化为一组节点与链接以进行基于图论的分析。该例程可处理来自显微成像的图像栈以及显式坐标数据，从而允许模拟与实验间的定量比较。ArGSLab 还支持对显微成像数据的精确分析，例如扩展点扩散函数导致无法分辨单个粒子的情况。我们针对胶体凝胶的显微与模拟示例数据集展示所得输出，以彰显 ArGSLab 定量分析了多源数据的能力。该免费软件包既可借助提供的图形用户界面使用，也可直接作为 MATLAB 脚本使用。
引用
@article{arxiv.2108.13690,
title = {ArGSLab: A tool for analyzing experimental or simulated particle networks},
author = {Jasper N. Immink and J. J. Erik Maris and Ronja F. Capellmann and Stefan U. Egelhaaf and Peter Schurtenberger and Joakim Stenhammar},
journal= {arXiv preprint arXiv:2108.13690},
year = {2021}
}