Vendi 分数在基因组流行病学中的应用
种群与进化
2025-09-29 v1 定量方法
摘要
Vendi 分数（VS）是最近在机器学习背景下构思的一种多样性度量，已在广泛领域得到应用，与生态学中常用的度量相比，它具有几个显著优势。它独立于分类，包含丰度信息，并且对稀有/丰富类型具有可调的灵敏度。我们以丰富的 COVID-19 序列数据为范例，开发了将 VS 应用于时间分辨序列数据的方法。我们展示了 VS 如何能够表征流行病毒的整体多样性，并在正式鉴定之前识别新出现的变异株。此外，将 VS 应用于系统发育树可以方便地概述分支内多样性，这有助于病毒变异株的检测。
引用
@article{arxiv.2509.22520,
title = {Applications of the Vendi score in genomic epidemiology},
author = {Bjarke Frost Nielsen and Amey P. Pasarkar and Qiqi Yang and Bryan T. Grenfell and Adji Bousso Dieng},
journal= {arXiv preprint arXiv:2509.22520},
year = {2025}
}