一种用于计算机模拟生成适配体的验证策略
定量方法
2018-05-22 v2 其他凝聚态物理
化学物理
摘要
高亲和力适配体的筛选对于临床和技术应用至关重要。本文提出一种新策略，用于验证利用免费软件在计算机模拟（in silico）中生成的适配体三维结构的可靠性。该流程包含三个步骤：a. 为每个候选适配体生成大量构象；b. 在受体上进行刚性对接；c. 对产物进行拓扑与电学表征。步骤 a. 和 b. 基于“有效亲和力”（即构象能与对接能之和）的分布，给出配体-受体复合物的全局结合评分。步骤 c. 采用复杂网络方法（Proteotronics）来表征适配体及配体-受体复合物的电学性质。测试对象为一组成抗 Angiopoietin-2 适配体。在先前文献中，这些适配体曾在体外与计算机模拟中采用不同于本文的方法处理，并最终通过 SPS 实验测试。计算预期与实验结果并不吻合，而我们的结果与已知测量值表现出良好的一致性。所设计的流程并非适配体专用，其将结构生成与结构筛选相结合，可作为一种相当完备的适配体筛选理论方法。
引用
@article{arxiv.1711.07397,
title = {A validation strategy for in silico generated aptamers},
author = {R. Cataldo and F. Ciriaco and E. Alfinito},
journal= {arXiv preprint arXiv:1711.07397},
year = {2018}
}
备注
17 pages, 9 figures