面向零充盈型单细胞 RNA-Seq 数据的共中介统计框架
统计方法学
2025-10-01 v3 基因组学
定量方法
应用统计
摘要
单细胞 RNA 测序 (scRNA-seq) 已彻底改变了细胞异质性研究的格局，使其能够在单个细胞水平上进行细致的分子轮廓。然而，将高维单细胞数据集成到因果中介分析中仍具有挑战性，主要due于零充盈现象和复杂的中介结构。我们提出一种新型中介框架，利用零充盈负二项分布模型刻画细胞水平的中介分布，并采用 beta 回归模型描述零充盈比例。该模型能够识别作为疾病导致性路径的中介因素，既包括表达水平，也包括表达比例。广泛的模拟研究表明，该方法在检验功效和控制假发现率方面均表现出优势。我们进一步通过应用于 ROSMAP 单细胞转录组数据，展示了该方法的实用性，揭示了生物学上有意义的中介效应，增进了对疾病机制的理解。
引用
@article{arxiv.2507.06113,
title = {A Statistical Framework for Co-Mediators of Zero-Inflated Single-Cell RNA-Seq Data},
author = {Seungjun Ahn and Li Chen and Maaike van Gerwen and Panos Roussos and Zhigang Li},
journal= {arXiv preprint arXiv:2507.06113},
year = {2025}
}
备注
24 pages and 3 figures