多色细胞生长纵向计数数据的时空模型与推断工具
统计方法学
2018-04-11 v4
摘要
多色细胞时空图像数据对于通过在体内和体外追踪不同细胞类型来研究器官发育与再生、恶性生长或免疫反应具有重要意义。由于不同细胞类型之间存在复杂的时空相互作用，且单细胞轨迹测量存在困难，对常见纵向细胞实验图像数据进行统计建模面临重大挑战。现有分析方法主要关注单变量情形，往往未考虑影响不同细胞群体间细胞生长的时空效应。本文提出一种条件空间自回归模型来描述格点上的多元计数细胞数据，并开发了推断工具。所提方法在计算上易于处理，使研究人员能够估计多色细胞生长的完整统计模型。我们将该方法应用于真实实验数据，研究细胞间的相互作用如何影响其生长。我们包含两个案例研究：第一个评估通常存在于肿瘤微环境中的癌细胞与成纤维细胞间的相互作用，第二个评估克隆癌细胞作为不同组合生长时的相互作用。
引用
@article{arxiv.1610.03608,
title = {A spatio-temporal model and inference tools for longitudinal count data on multicolor cell growth},
author = {Puxue Qiao and Christina Mølck and Davide Ferrari and Frédéric Hollande},
journal= {arXiv preprint arXiv:1610.03608},
year = {2018}
}