显生宙生命的机器编译宏观进化史
数据库
2014-07-23 v2 计算与语言
机器学习
种群与进化
摘要
宏观进化理论的许多方面以及我们对生物响应全球环境变化的理解，都源于基于文献的古生物学数据汇编。然而，现有的人工组装数据库是不完整的，且难以评估和增强。在此，我们开发并验证了一种机器阅读系统 PaleoDeepDive 的质量，该系统能自动从出版物中的异构文本、表格和图形中定位并提取数据。PaleoDeepDive 在复杂的数据提取和推理任务中表现与人类相当，并生成一致的合成宏观进化结果。与传统数据库不同，PaleoDeepDive 生成一个概率数据库，随着信息的增加而系统地改进。我们还表明，该系统可以轻松容纳复杂的数据类型，例如生物插图中的形态数据及相关文本描述。这种用于科学数据集成与综合的机器阅读方法，使许多目前尚未确定的问题变得可解，并可能激发全新的探究模式。
引用
@article{arxiv.1406.2963,
title = {A machine-compiled macroevolutionary history of Phanerozoic life},
author = {Shanan E. Peters and Ce Zhang and Miron Livny and Christopher Ré},
journal= {arXiv preprint arXiv:1406.2963},
year = {2014}
}