基于动态规划的全新肽配序通过串联质谱
计算工程、金融与科学
2007-05-23 v1 数据结构与算法
摘要
串联质谱将大量相同的肽序列分解为带电的前缀和后缀子序列，然后测量这些离子的质量/电荷比。全新肽配序问题是从给定的串联质谱数据（k 个离子）中重建肽序列。通过将谱数据隐式转换为 NC-谱图 G=(V,E) 其中 |V|=2k+2，我们可以使用动态规划在 O(|V|+|E|) 时间和 O(|V|) 空间内解决此问题。我们的方法还可以用于在 O(|V||E|) 时间内发现修改的氨基酸，以及在 O(|V||E|) 时间内分析其他类型的噪声数据。我们的算法已实现并在实际实验数据上进行测试。
引用
@article{arxiv.cs/0101016,
title = {A Dynamic Programming Approach to De Novo Peptide Sequencing via Tandem Mass Spectrometry},
author = {Ting Chen and Ming-Yang Kao and Matthew Tepel and John Rush and George M. Church},
journal= {arXiv preprint arXiv:cs/0101016},
year = {2007}
}
备注
A preliminary version appeared in Proceedings of the 11th Annual ACM-SIAM Symposium on Discrete Algorithms, pages 389--398, 2000