一种用于从头蛋白质结构预测的粗粒化朗之万分子动力学方法
生物大分子
2008-02-22 v1 软凝聚态物质
摘要
从头蛋白质结构预测，即从与迄今已解析结构不相似的氨基酸序列预测结构，一直是分子生物物理学的主要挑战之一。在本文中，我们开发了一种新的从头预测方法，该方法结合了片段组装法和物理折叠过程的模拟：通过构象变化的朗之万分子动力学动态搜索具有一致组装片段的结构。基准测试表明，当通过经验推导的评分函数对候选结构进行交叉验证时，预测效果得到改善。
引用
@article{arxiv.0802.3140,
title = {A coarse-grained Langevin molecular dynamics approach to de novo protein structure prediction},
author = {Takeshi N. Sasaki and Hikmet Cetin and Masaki Sasai},
journal= {arXiv preprint arXiv:0802.3140},
year = {2008}
}