半局部字符串比较：算法技术与应用
数据结构与算法
2015-03-13 v9 离散数学
摘要
字符串比较的经典度量由一对字符串的最长公共子序列 (LCS) 问题给出。我们考虑其推广，称为半局部 LCS 问题，该问题自然出现在许多字符串相关问题中。半局部 LCS 问题要求计算每个输入字符串与另一个输入字符串的每个子串的 LCS 分数，以及每个输入字符串的每个前缀与另一个输入字符串的每个后缀的 LCS 分数。这种比较模式比单个 LCS 分数提供了更详细的字符串相似性图景；它也自然出现在许多字符串相关问题中。事实上，半局部 LCS 问题被证明是字符串比较的基础，为经典动态规划提供了一种强大而灵活的替代方案。当字符串比较问题的输入可能无法一次性获得时，它尤其有用：例如，动态变化字符串的比较；压缩字符串的比较；并行字符串比较。相同的方法也可应用于排列字符串，为最长递增子序列 (LIS) 问题的局部版本以及计算圆图中最大团的问题提供高效解决方案。此外，半局部 LCS 问题在一些看似不相关的领域（如计算几何和半群代数）中显示出惊人的联系。这项工作致力于探索半局部 LCS 问题的结构、其高效解决方案及其在字符串比较和其他相关领域（包括计算分子生物学）中的应用。
引用
@article{arxiv.0707.3619,
title = {Semi-local string comparison: algorithmic techniques and applications},
author = {Alexander Tiskin},
journal= {arXiv preprint arXiv:0707.3619},
year = {2015}
}